Działalność Stowarzyszenia ma na celu integrację środowiska naukowego z praktyką rolniczą poprzez edukacyjne działania innowacyjne wspomagające rozwój rolnictwa i obszarów wiejskich w regionie Polski południowo-wschodniej, a w szczególności na obszarze województwa małopolskiego.
W realizacji swych celów Stowarzyszenie współpracuje z szeregiem instytucji krajowych i zagranicznych. Było i jest liderem w projektach Unii Europejskiej. Do chwili obecnej zrealizowało około 40 dużych projektów oraz ponad 20 kursów i szkoleń, których beneficjentami były różne grupy zawodowe i społeczne mieszkające na obszarach wiejskich. 

Stowarzyszenie organizuje także konferencje i seminaria. Ich tematyka jest zbliżona do tematyki programów edukacyjnych, jednakże uczestniczy w nich o wiele szersza grupa osób, w tym także pracownicy nauki z kraju i zagranicy, przedstawiciele administracji państwowej i samorządowej, parlamentarzyści. W okresie kilkunastoletniej działalności Stowarzyszenie było organizatorem ponad 50 konferencji i seminariów.

Stowarzyszenie specjalizuje się również w opracowywaniu strategii lokalnego rozwoju gospodarczego i społecznego (przy wykorzystaniu metody uczestnictwa). Do chwili obecnej opracowanych zostało 31 takich strategii dla gmin, miast i powiatów (m.in. dla: Borzęcina, Drwini, Jasienicy, Kłomnic, Lanckorony, Popowej, Porąbki, Przeciszowa, Wilamowic, Zarzecza, Łękawicy, Świątnik Górnych, Szczurowej, Stryszowa, Tuchowa, Bielsko-Białej). Pod naszym kierunkiem opracowany został Małopolski Program Rozwoju Wsi i Rolnictwa (1997).

MSDR zajmuje się również działalnością wydawniczą, przygotowując i publikując książki i podręczniki oraz materiały edukacyjne dla uczestników projektów edukacyjnych. Kontynuuje także rozpoczętą w 1995 roku działalność wydawniczą w postaci kwartalnika „Wieś i Doradztwo”, wydawanego wspólnie z Zakładem Rolnictwa Światowego i Doradztwa Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie (od 01.02.2012 r. z Zakładem Rozwoju Obszarów Wiejskich i Doradztwa).